NAMD є паралельний код молекулярної динаміки, розроблений для високоефективного моделювання великих біомолекулярних систем.

MD є метод обчислювального моделювання для розуміння руху частинок у системі. Атоми та молекули взаємодіють один з одним на основі обмежень, що накладаються на систему. Існує безліч методів вивчення молекул, що представляють інтерес для наук про життя та суміжних галузей хімії.

NAMD — це масштабоване програмне забезпечення MD, здатне моделювання всеатомних систем як ДНК, так і білків які містять мільйони атомів, як у стабільних, так і в змінних умовах [50]. NAMD покладається на параметри AMBER і CHARMM і зберігає загальні обмеження всеатомної МД, такі як дуже короткий час моделювання.

Він був представлений у 1995 році Нельсоном та ін. як паралельний код молекулярної динаміки, що дозволяє інтерактивне моделювання шляхом зв’язування з кодом візуалізації VMD. З тих пір NAMD зріла, додавши багато функцій і масштабуючи понад 500 000 процесорних ядер.

Динамічне моделювання (або моделювання динамічної системи) — це використання комп’ютерної програми моделювати поведінку динамічної системи, що змінюється в часі. Системи зазвичай описуються звичайними диференціальними рівняннями або рівняннями в частинних похідних.

Національна асоціація директорів Medicaid.